Die Einführung der Reformation
1530 hält im Einverständnis mit dem Rat der Stadt der Dominikanerpater Johann Kelberg in der Paulikirche die ersten reformatorischen Predigten. Im gleichen Jahr kommt Thomas Borchwede, ebenfalls Dominkaner, aus Osnabrück nach Soest und wird erster Prediger der Stadt. Seine Predigten in St.Petri sind ebenfalls stark von Luther beeinflusst. Sie finden bei der Gemeinde großen Anklang, es kommt aber zu Konflikten mit dem Prior des Klosters. Am 20.11.1531 schlägt Borchwede 22 Thesen an die Tür des Patrokli-Doms und fordert seine Gegner zur Diskussion heraus.
Wenige Wochen später kommt der umstrittene Prediger Johann Wulf von Campen nach Soest. Am Thomastag (21.12.) predigt er in der Paulikirche, obwohl es auswärtigen Predigern untersagt war, zu predigen. Als er am Nachmittag auch in Petri predigen will, lässt ihn der Rat verhaften. Es kommt zum "Thomasaufruhr", bei dem sich mehrere tausend Menschen auf dem Petrikirchhof versammeln und sich mit Campen solidarisieren. Ausschreitungen erfolgen: der Bürgermeister wird unter Arrest gesetzt. Johann Gropper, Pfr. an Petri wird für abgesetzt erklärt.
Am nächsten Tag (22.12.) versammeln sich die Vertreter der sechs Hofen und verhandeln mit dem Rat. Der Rat fuhrt die Reformation ein. Alle Kirchen bis auf Patrokli und die Klöster werden evangelisch.

Fortgang
Im Januar 1532 holt der sich sehr für die evangelische Bewegung einsetzende Künstler Heinrich Aldegrever Gerdt Oemeken von Lippstadt nach Soest. Er verfasst die erste Soester Kirchenordnung.
Im Juni 1532 wird auf Bitten des Rates Johann de Brune von Luther als Superintendent nach Soest entsandt. Er setzt sich energisch für die Reformation ein. Am 23. März 1533 will er in St. Patrokli predigen und findet dort aber auf der Kanzel einen gemalten Galgen und andere Drohungen vor. Dies führt zum sog. "Lätare-Auflauf", bei dem Soester Bürger sich auf dem nördlichen Petrikirchhof versammeln und eine Ende der Schikanen fordern.
Ob die Hinrichtung des Wollenwebers Johann Schachtrop, der einer der ersten Anhänger der Soester Reformation war, ein „Märtyrertod“ ist, ist unklar.

Zeit des Interims
Nach der Niederlage der Evangelischen im Schmalkaldischen Krieg tritt das „Augsburger Interim“ in Kraft, das die evangelische Lehre weitgehend zurückdrängt. In Soest werden die ev. Prediger ausgewiesen. Johann Gropper kehrt in die Stadt zurück. Von 1548-52 ist evangelischer Gottesdienst verboten, nur Kranken und Sterbenden darf das Abendmahl in beiderlei Gestalt gereicht werden. Die Kirchenordnung Oemekens wird abgeschafft.
Bei der Soester Bevölkerung stoßen diese Maßnahmen allerdings auf Widerstand. Dies führt dazu, das 1552 noch vor der offiziellen Beendigung des Interims der Laienkelch durch den Rat wieder eingeführt wird. Die Brunsteinkapelle ist das erste Gotteshaus, in dem wieder evangelischer Gottesdienst gehalten wird. Im August übergibt der Rat St. Pauli an den luth. Prädikanten Walter von Stolwyck. Am 15.6.1552 wird das Interim offiziell in Deutschland aufgehoben. Der Augsburger Religionsfrieden von 1955 gewährt den Konfessionen mehr Freiheiten. In Soest werden nach und nach die Kirchen wieder evangelisch, als letzte 1563 St. Petri.